Badan Narkotika Nasional Kota Tarakan mulai dibentuk pada Tanggal 7 Agustus 2012 dengan  Strukstur Organisasi mengacu pada Peraturan Kepala BNN Nomor 3 tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja (OTK) BNN Provinsi dan BNN Kabupaten /Kota.

Sehingga Bentuk/Susunan Organisasi terdiri dari :

1. Kepala (esselon III/A);
2. Sub Bagian Umum(Esselon IV/A);
3. Seksi Pencegahan dan Pemberdayaan Masyarakat (Esselon IV/A);
4. Seksi Rehabilitasi (Eselon IV/A);
5. Seksi Pemberantasan (Esselon IV/A);
6. Jabatan Fungsional.

Badan Narkotika Nasional Kota Tarakan sudah mempunyai kantor sendiri dengan alamat Jalan Kesuma Bangsa RT13, Kelurahan Gunung Lingkas, Kecamatan Tarakan Timur, Kota Tarakan, Kalimantan Utara yang dibangun pada tahun 2011 melalui alokasi dana APBN diatas lahan Pemerintah Kota Tarakan seluas 19,00 x 15,00 meter dan luas gedung 217 m² + 217 m² dan kantor tersebut telah beroperasi mulai tanggal 07 Agustus 2012-sekarang.